Die Position der Chororgel befindet sich an der Südwand des Chores über dem Chorgestühl. Das Vorgängerinstrument wurde 1960 von der Orgelbaufirma Rieger (Vorarlberg) gebaut. Die Disposition stammte von Helmut Bornefeld. Das Instrument verfügte über mechanische Schleifladen, zwei Manuale, Pedal und insgesamt 20 Register.
Im Kontext mit der Schließung des Chorraums im Ulmer Münster im Herbst 2018 sollte auch die 1960 erbaute Chororgel im Jahr 2019 einer umfangreichen klanglichen und technischen Überarbeitung unterzogen werden.
Hierzu wurde im Frühjahr 2018 das Gutachten eines Orgelsachverständigen der Württembergischen Landeskirche, Kirchenmusikdirektor Thomas Haller (Aalen), eingeholt. Daraus ergab sich ein umfangreicher Maßnahmenkatalog zur „Hauptausreinigung und Instandsetzung“ der Chororgel. Auf die erfolgte Ausschreibung erfolgten weitere Untersuchungen durch die ausgewählten Orgelbaufirmen. Keine der Firmen gab ein Angebot ab, da technische, konstruktive und klangliche Mängel in einem solch erheblichen Maße festgestellt wurden, dass über deren vollständige Behebung und die damit im Zusammenhang stehende notwendig zuverlässige Benennung der Kosten schwerwiegende Bedenken geltend gemacht wurden.
Auf Basis dieses Sachverhalts hat der Kirchengemeinderat der Münstergemeinde im Dezember 2018 die Situation neu bewertet und die Realisierung eines Orgelneubaus beschlossen.
Anfang März 2019 stellte die Münstergemeinde beim Denkmalamt den „Antrag auf denkmalschutzrechtliche Genehmigung“ für den Abbau der bisherigen Chororgel, der im Einvernehmen mit den übergeordneten Denkmalbehörden im April 2019 genehmigt wurde.
Im Mai 2019 wurde die sanierungsbedürftige Chororgel an die Kirchengemeinde in Biłgoraj (Polen) verkauft.